Noorte nõustamiskeskuste kitsam sihtrühm on 14–24-aastased (kaasa arvatud) noored, kellest omakorda kitsama sihtrühma moodustavad seksuaalelu alustanud noored. Kitsamale sihtrühmale on suunatud haigusi ennetavad tegevused (seksuaalsel teel levivate haiguste ennetamine, seksuaaltervise- ja kontratseptsioonialane nõustamine), mida rahastatakse Eesti Haigekassa poolt. Kindlustamata 20–24-aastastele noortele suunatud teenuseid rahastatakse riigieelarvest (Tervise Arengu Instituudi kaudu).
Noorte nõustamiskeskuste laiem sihtrühm on Eestis elavad 10–24-aastased (k. a.) mõlemast soost noored. Laiemale sihtrühmale on suunatud kõik NNKe poolt pakutavad ennetavad ja tervist edendavad tegevused ja teenused (nii arstlikud tegevused ja nõustamine kui seksuaalhariduslik tegevus).